绿林军起义的第二年，山东琅邪人樊崇在莒县率领百余人起义，得到青、徐等州饥民响应，逄安、徐宣、谢禄、杨音等率部归附，队伍发展到几万人，活动于青州一带。为在作战时与敌军相区别，他们将眉毛染红，故称“赤眉军”。其基本队伍是贫苦农民。他们随处打击地主豪富，没收财物，没有攻城略地的意图。军中没有文书、旌旗、部曲、号令，仅相互约定“杀人者死，伤人者偿创”，保持着淳朴的作风和良好的纪律。起义军内地位最高的称“三老”，其次称“从事”，再次称“卒史”，这些都是汉朝地方小吏的称号。战士相互之间则称呼“巨人”。

地皇二年，新莽太师羲仲景尚率兵镇压樊祟领导的起义军。结果全军覆没。次年，王莽再派太师王匡、更始将军廉丹率十余万大军前往镇压。到处烧杀抢掠，残害百姓，民间因而流传歌谣说：“宁逢赤眉，不逢太师！太师尚可，更始杀我！”赤眉军在成昌（今山东东平东南）大败莽军，追至无盐（今山东东平东），廉丹战死。此后赤眉军活动于今山东、江苏、安徽、河南诸省交界的广大地区，声势日盛。

与此同时，绿林军于公元年正月重创新莽南阳守将甄阜、梁丘赐所部，随即于清阳击败严尤、陈茂，进围宛城。起义队伍发展到十几万人，南阳地主集团策划立刘为皇帝，遭到大多数农民将领的抵制。但起义农民也因受“刘氏复起”图谶的影响，拥立比较懦弱的汉宗室刘玄为帝。同年二月，刘玄在宛城南面清水的沙洲上设坛称帝，恢复汉的国号，建元“更始”。

更始政权建立后，派王风、王常、刘秀等率兵攻占昆阳（今河南叶县）、定陵（今河南舞阳东北）、鄙县（今河南郾城）等地，又派刘率兵进攻宛城。王莽发州郡兵四十三万，号称百万，由王邑、王寻率领，企图一举消灭绿林军。莽军南出颍川，前锋约十万人进围昆阳。王风、王常率义军八九千人坚守昆阳，以待援兵。刘秀、李轶等轻骑突围，从郾、定陵等地召集一万余义军星夜驰援。进抵昆阳时，刘秀率敢死士三千人从城西突袭王邑、王寻的中军大营，杀王寻。昆阳守军也乘机出击，内外夹攻，莽军大溃，王邑与残部数千人逃归洛阳。

莽军主力被歼后，各地纷纷起兵，诛杀新莽官吏，用汉年号，以待更始诏命。新市、平林诸将看到刘绩、刘秀的声名日盛，劝刘玄除掉了刘。绿林军随即兵分两路：一路由王匡率领攻洛阳，一路由申屠建、李松率领攻武关。更始元年（）九月，绿林军在各种反莽力量的配合下，顺利攻取长安。王莽逃至渐台，被商人杜吴砍死，从而结束了新莽政权的统治。十月，刘玄北都洛阳，次年又移都长安。

更始政权进入长安后，各级官吏中有不少人出身于庸客、商贩或膳夫、奴仆。因此当时流传：“灶下养，中郎将。烂羊胃，骑都尉。烂羊头，关内侯。”这虽是对农民政权的诬蔑之词，但也反映了更始政权保留着农民军的某些朴素本色。不久，由于刘玄生活腐化，昼夜宴饮，其亲信赵萌专权恣肆，起义军将领因而离心离德，各谋出路。刘玄为了巩固自己的地位，杀害了申屠建、陈牧、成丹等起义将领。王匡、张印等率众归附赤眉。

当刘玄进据洛阳时，赤眉军正在颍川、濮阳一带活动。樊崇曾前往洛阳联络，但刘玄不愿与赤眉军合作，只许以空头官爵。随后赤眉军兵分两路：一路由樊崇、逄安率领，攻拔长社（今河南长葛东北），南击宛城；另一路由徐宣、谢禄率领，拔阳翟（今河南禹县），进军梁县（今河南临汝西南）。樊崇等人认为部众东向必散，决定西攻长安。公元年冬，樊崇、逄安等由武关进发，徐宣、杨禄等由陆浑关进发。次年正月，两路大军会师弘农后，继续攻向长安。进至华阴时，立十五岁的西汉宗室刘盆子为帝；随即顺利攻占长安，刘玄投降，不久被绞死。由于关中豪强地主隐匿粮食，组织武装，坚壁顽抗，赤眉军在粮食断绝的情况下，不得不退出长安，进入安定、北地一带。又因隗嚣等地主武装的袭击和大雪阻碍，被迫折回长安，引众东归，因而与刘秀的东汉政权发生了激烈的对抗。

刘秀在刘被杀后，受刘玄派遣去安抚黄河以北地区。他得到信都、上谷、渔阳等地的地主官僚集团的支持，消灭了盘踞邯郸称帝的王郎，并镇压和收编了河北地区以铜马为首的农民起义军，壮大了自己的势力。以此，获得了“铜马帝”的称号。公元年，刘秀称帝于鄗，不久定都洛阳。当赤眉军引兵东归时，刘秀在新安、宜阳屯驻重兵，预先切断了赤眉军的归路。建武三年（）初，赤眉军被冯异打败，折向东南，又在宜阳陷入重兵包围，最后粮尽力竭，被迫投降刘秀。同年夏，樊崇、逄安再次起义，旋即被镇压。

黄巾起义